นากาโอกะ ชินตาโร เกิดที่หมู่บ้านคิตากาวะ แคว้นโทซะ (ปัจจุบันอยู่ในเขตจังหวัดโคจิ) โดยเป็นบุตรชายของผู้ใหญ่บ้านคิตากาวะเมื่อ ค.ศ. 1838 ในปี ค.ศ. 1861 เขาได้เข้าศึกษาวิชาการต่าง ๆ และวิชาดาบในสำนักศึกษาที่ทาเกจิ ฮัมเปตะ จัดตั้งขึ้น และได้เป็นสมาชิกผู้ก่อตั้งกลุ่ม "โทซะกินโนโต" (กลุ่มผู้ภักดีแห่งโทซะ) ซึ่งเป็นองค์การทางการเมืองติดอาวุธที่ทาเกจิจัดตั้งขึ้นเพื่อส่งเสริมแนวคิด "ซนโนโจอิ" (เทิดทูนจักรพรรดิ ขับคนป่าเถื่อน) [1]